Hệ thống tổ chức cơ quan Liên minh Hợp tác xã tỉnh Lạng Sơn được sắp xếp, kiện toàn tinh gọn, đảm bảo hiệu lực, hiệu quả. Bộ máy lãnh đạo và tham mưu bao gồm:
- Ban Chấp hành, Ban Thường vụ Liên minh Hợp tác xã tỉnh.
- Thường trực Liên minh: Gồm 01 Chủ tịch và 02 Phó Chủ tịch.
- Ban Kiểm tra (gồm 05 ủy viên).
- Các phòng, ban chuyên môn: Văn phòng cơ quan; Phòng Nghiệp vụ.
- Đơn vị trực thuộc: Quỹ Hỗ trợ phát triển Hợp tác xã tỉnh.